注文は1商品で商品代金で200ユーロ以上、ebayの一つのOrder no上で40ユーロ以上のVATを支払っている状況ですか？

仮にこの状況が発生しているのであればebayのシステムエラーとなるわけですが、その場合でもebayにVATの返還要求を出来るのはバイヤーとなります。
セラーに対しては発送前に確認を行い、問題があればその時点で報告する必要がある。
最終的な確認義務はセラーにあると言ってくるレベルがebayです。

残りの可能性としてはノルウェーのバイヤーが絡むぐらいですね。

回答ありがとうございます。
そうなるとebayのバグかエラーのようにしか見えませんね。
ebayの返信なし対応はあまりにもひど過ぎる。
ebayは必要のないVATを徴収。
Fedexは関税支払い前に勝手に荷物を引き渡す。
ふざけた奴らです。

アルフォンヌ改めホイミ様
コメントありがとうございます。

流石にここでID開示はまずい気がします。
購入前にごにょごにょ（150以下の記載にしてくれ）してくる若そうな人はヤバしです。
関税支払い拒否は1発アカウントBANして欲しいです。地雷です。

ごにょごにょ

は、丁寧にお断りして間髪を入れずBlockしてますよ。
お断りしても定価で購入し、ケースをあげるBuyerが多いですからね。
結構高額なitemなので。それくらいはしないと。

ひろ様

本当に徴収さえしなければ良い話なのに、です！
fedexはスピード重視で品物を受け取った後に
関税、他支払い拒否なら怖くて使えません。
解決方法、ないですかね。

おいら様
コメントありがとうございます。
ebayには2種の提案をしました。

1つ目は無駄に支払ったVATをバイヤーに返金、その後、請求書をバイヤー向けに
書き換え、バイヤーが支払い事、

2つ目は記載したとおり、このまま私が支払い、VATは私に支払う事

1つ目の提案であれば、おそらくバイヤーは「オーストリアには関税なんてない」
と言い張っているのでVATを受け取っても支払わないでしょう。
そうなるとバイヤーはVATを受け取った上にこちらが全てを支払う事になります。
かつ、Fedexの請求書の書き換えにはバイヤーのサイン、Fedexのアカウントが
必要と非常にハードルが高いです。
なので、損が出ても2つ目を強く提案しました。

おそらくおいら様のコメント通り、拒否されると思いますが、、

差し当たりとしてはebayでの商品価格と送料、ebayが徴収したVATの確認ですね。
ちょっと記憶があいまいなのですがIOSSは商品代金のみを対象にしていたと思います。

例えば商品代金が151ユーロならebayはVATを徴収しません。
しかし、商品代金が140ユーロで、送料が11ユーロならebayはVATを徴収すると思われます。
以前はどこかにこのルールが書いてあったのですが、見つからなくなってしまいました。

仮にこのルールが正しかったとすると総合計では150ユーロを超えるので、この総合計を商品代金としてFedexでのラベル作成時に記載をすると課税対象となります。
多くの国では入力された内容の内訳ではなく、単純に表示された総額で課税を決定しています。

ebayを見る場合、まずはIOSSの課税ルールを探してみてください。
商品代金のみでは150ユーロ以下であった場合、このルールが正しい可能性が高いです。
そのうえで現地で課税されてしまった場合、セラーのミスによる課税と判断される確率が高いです。
そして、その場合は同一ケースでの価格等の入力についてFedexに確認することをお勧めします。