Hisashi様
お問い合わせいただき誠にありがとうございます。
MP専用窓口川上でございます。

＞Payoneerアカウントのメールアドレスが法人タイプとeBayのサブアカウントと同じメールアドレスの場合は、eBay＞のサブアカウントへ紐付けされてしまうのですか？

メールベースでeBayとPayoneerの紐付けを行うわけでありません。

＞eBayのメインアカウントへ紐付けしたい場合のベストな方法を教えて頂きたいと思います。

Payoneer口座を２つ保持（法人と個人）していれば、eBayのBusinessアカウントはPayoneer法人アカウントに、
eBayのIndividual アカウントはPayoneer個人口座に等、別々に紐付けが可能です。

一方で、eBayのメインアカウントもサブアカウントも両方がBusinessアカウントであれば、両方をPayoneer法人アカウントに紐付けが可能です。

～～～～～～～～～～～～～～～～

その他ご不明な点につきましては下記URLでもご案内しておりますのでご参照下さい。

▶「Managed Payments最新情報（日本語）」
　　https://www.ebay.co.jp/start/business/managedpayments-info

→私どもから回答させて頂いた内容にてご不明点が解消されるようでしたら、
　「ベストアンサーを選ぶ」ボタンを押していただけますと幸いです。

　今後とも宜しくお願いいたします。

#$%