佐藤舟　様

お問い合わせいただき誠にありがとうございます。
MP専用窓口　川上でございます。

こちらはMP専用窓口ですので、Managed Payments登録手続き以外のご質問につきましては、お答えできかねます。

eBayJP窓口にお問い合わせいただくと適切なご案内ができるかと存じますので、
以下URLよりお問い合わせくださいますようお願いいたします。

https://eportal.ebay.co.jp/portals

その他ご不明な点につきましては下記URLでもご案内しておりますのでご参照下さい。

▶「Managed Payments最新情報（日本語）」
　　https://www.ebay.co.jp/start/business/managedpayments-info

→私どもから回答させて頂いた内容にてご不明点が解消されるようでしたら、
　「ベストアンサーを選ぶ」ボタンを押していただけますと幸いです。

　今後とも宜しくお願いいたします。

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とりあえずPaypalで支払いを受け取っているのでManaged Paymentsは全く関係がないです。
返金済みとなっている日時を確認して、その日時が自分がebayで返金処理した日時と一致していればebayからの返金手続きには成功していたことになります。
この場合、ebayの処理が追い付かないのではなく、ebayのエラーと考えたほうが良いでしょう。

異議による返金の表示なので、バイヤーがケースをクレームにエスカレートしての強制返金の可能性があります。
強制返金がすでに行われている状態で、さらに返金を重ねて行おうとしているためのエラーかもしれません。
通常、強制返金が行われている場合は、ebayからメッセージが届いているはずです。

Managed Paymentsでこの支払いを受け取っているかがポイントですね。
Managed Paymentsの導入前、つまりPaypalで支払いを受け取っていた場合、Paypalの残高が不足している可能性があります。
この場合、Paypal内に受け取った総額が確保されていないと返金できません。
返金時にPaypal手数料は戻ってこないので、Paypal手数料等が差し引かれる前の総額が必要です。