e-bayはビジネスでペイオニアは個人事業主で登録したい

ebayはBusiness Accountを登録している、Payoneerは個人Accountを登録しているということであれば、Payoneerの個人Accountを解約した後ebay MP登録Processの流れの中で、Payoneer Business Accountを登録する、ebay, Payoneerを連携する、という一連の流れが完了します。

ペイオニアの個人事業主は法人を選択するということでまちがいないでしょうか？

間違っていないと思います。
個人事業主と法人は法人を選択します。
個人事業主と法人では、提出するDATAが違いますので、更に選択の余地があれば個人事業主を選択します。

ペイオニアで法人を選択した際、自分のクレジットカードが登録できません

Payoneerで法人云々というのはおそらく関係ないと思います。
ebayのCard登録は、VISAあるいはMASTERのCredit card若しくはDebit cardでなければなりません。
名義はOwner's detailsの氏名でいいと思います。
ただし、Card発行依頼時、申込書に記載した住所、氏名がOwner's detailsと同じである必要があります。
また、Credit Cardは外貨建て決済を行う、という条件で登録されている必要があります。
Debit cardは口座が￥取引の場合、US$決済ができないものがあり、そのDebit cardは登録を拒否されます。