おそらくすでに以下のURL先のページはご参照いただいているかもしれませんが、「Payoneerのアカウント（個人/ビジネス）とeBayのアカウント（パーソナル/ビジネス）が一致しない場合、マネージドペイメンツのご登録ができません。」という記載にもある通り、eBayのビジネスアカウントにしたい場合はPayoneerのビジネスアカウントが必要になります。
buntaさんは現在Payoneerをビジネスアカウントで申請中とのことですので、申請が通ればeBayビジネスアカウントに変更は可能かと思います。
ただ万が一個人の方ですと開業届をお持ちでないとeBayビジネスアカウントにすることはできないようなので、その点はどうかご注意いただきたいです。

イーベイ・ジャパン公式：よくある質問
アカウントタイプ変更方法
https://www.ebay.co.jp/faq/account02/account-type-change/

eBayはアカウントを作成するとき、一番始めの画面でPersonalかBusinessを選択します。
Personalなら個人、Businessならビジネス、というアカウントになります。