＞アカウントの個人と法人でメリットデメリットなどあれば教えていただけますか？
ご自身の納税状況でメリット・デメリットが決まると思いますよ～
売上がそこまで大きくなければ個人で申告したほうがいいと考えるひともいますし、逆もしかりです。
eBayでの販売に関して法人個人の差異はないと思います。

＞あと個人事業主でも開業届を出せば法人アカウントになれるのでしょうか？
eBayのくくりとしは
Personalアカウント＝個人
Businessアカウント＝法人・個人事業主

こんな感じですね