eBayのPaymentsにてFunds Sentになっていればペイオニアに送金がされています。

ちなみにペイオニアに登録しているアドレスに「お客様宛に支払いが届きました！」という件名でメールは来ますよ。

そちらも確認したほうがいいかもしれないですね。

Available fundsがマイナスになった件については個別の案件になってしまうので言及は避けますが、基本的にペイメント設定にクレジットカードを登録していれば不足分はそちらにチャージされるかと思います。