セラーとして返金を受けられるのはFinal value fee（販売手数料）、Promoted Listings fee（広告費）、International fee（国際手数料）です。
身に覚えのないような少額だとInternational feeの可能性が高いです。
何がどのようになっているかはTax invoicesをダウンロードして確認します。
International feeについての認識を持っていなかった場合、利益計算を間違えている可能性があるので再確認が必要です。

バイヤーが受け取る返金額が支払いより少ないケースですが、これはアメリカ以外のバイヤーが購入した場合に発生します。
例えばユーロが主要通貨のバイヤーがUSDでの決済を行います。
この場合にバイヤーは為替交換手数料を支払ったうえで決済を行っています。
しかし、キャンセルをした場合、その多くで支払った為替交換手数料が返金されません。
したがって、支払い時よりも少ない金額の返金を受けることになります。

バイヤー都合のキャンセルであればバイヤー責任ですから、そこを追及されるようなことはないでしょう。
しかし、セラー都合キャンセルで損失が出れば、バイヤーとしても納得は出来ないでしょう。

バイヤーに請求されることはないです。ご安心ください。
ただ確かバイヤーもキャンセル回数が多くなると、購入制限が掛けられたり、セラーからのBlocked Bidder/Buyer Listに登録されてしまうということもあったりします。

キャンセルとしての手数料がバイヤーに請求されることはありません。
しかし、結果として支払った金額よりも少ない金額が返金されるケースはありますね。

キャンセル後の手数料気になりますよね。

以下がeBay公式のキャンセルの際の手数料に関するポリシーと仕様になります。

https://www.ebay.com/help/selling/fees-credits-invoices/fee-credits?id=4128

要点をまとめると、以下のようになります。

・落札手数料は（セラーに）返還される
・Promoted Listings fee（広告費）も返還される
・International feeも課金されているようであれば返還される

→なお、これは上記URLには書かれていませんが、上記手数料も返還されるタイミングはマチマチで落札手数料はすぐ返還されることが多い気がしますが、広告費は数日かかったりしています。

ですので質問について回答すると、

バイヤー都合でキャンセルしたら、手数料はセラーに支払われるのでしょうか？

手数料は元々セラーが払っていますが、これが返還されます。

また、バイヤー都合でキャンセルした場合、バイヤーに手数料が発生しないようにすることはできますか？

上記回答に重なりますが、バイヤーが手数料を払うことはありませんので安心してください。

でも、バイヤーに手数料が発生しないようにする方法を探すなんて素晴らしいセラーさんだと思います^^

是非今後もバイヤーさんとの良好な関係を楽しんでください♪