日本郵便の場合、調査結果が「亡失」でも実際には無事到着しているという可能性があります。
バイヤーから返金依頼が無いのであれば、賠償金だけもらっておいてebayの方は放置しておいてもよいのではないでしょうか？そして、万が一Disputeを起こされた場合には即座に返金する、というのはどうでしょうか？

バイヤーに未着でのPayment Disputeを申請してもらえばebay上からの返金は可能です。
ただし、事前にebayジャパンに確認はしておいたほうがいいですね。
この場合のFVFの取り扱いは聞いておいたほうがいいです。
保険をかけていて、日本郵便が全額を補償するのであればFVFが返ってこなくても損失はないと思います。

また、バイヤーにリターンリクエストや未着ケースを申請できるかも確認します。
期日が過ぎていても申請出来てしまったりすることもあったような気がします。

単純にebayに事情を話せば、ebay側の手動操作での返金が可能かもしれません。
以前に似たようなケースでセラー側の操作で返金が出来なかったときに、期限が過ぎての返金はebayに依頼してくださいとUSのカスタマーサポートが言ってました。

山本さん

ご投稿ありがとうございます。
もう3ヶ月過ぎているとのことですが、そうなると既にeBay上で注文履歴が消えてしまっていますよね。
以前はこのようなことがあった際は、Paypalから直接返金という方法も可能でしたが・・・。
一度セラーサポートに、Paypalから直接返金してよいのかそれとも何か他の方法があるのか、問い合わせをしてみてください。