アドバイスでなくてすみません。
お聞きしたいことがあるのですが、【紛失扱いで商品代金と送料の保証がされると配送会社より連絡がありました。】とあるのですが、それというのは配送会社の方で保証してくれるからセラー側から返金はしなくてよいという意味とは違うのでしょうか？
間違っていたり、勘違いしていましたら申し訳ありません。

配送会社の保証がセラー側に返金されるか、バイヤー側に返金されるのかで違うとは思うのですが、万が一配送会社の方でバイヤー側に返金されたとして、セラー側でも返金をするとなると、二重の返金になってしまわないのかな？と疑問に思ったのと、私もわからなかったのでお聞きしてしまいました。
すみません。

1.バイヤーから商品未着でケースをオープン

ケース内から全額返金を行います。
バイヤーの支払いは全額返金されます。
セラーのMP内の資金から手数料分が差し引かれて返金されます。
例えばバイヤーの総支払が＄100、FVFが＄20の場合、バイヤーには＄100が返金されます。
MP内の資金からは＄80が差し引かれます。
Payoneerの手数料というものがebay上で発生することはありません。
MP内に資金がない場合はマイナス残高となります。
マイナス残高が一定の期間内に解消されない場合は登録されたクレジットカードに請求がおこなわれます。
Payoneerの資金から差し引かれることはありません。
クレジットカードでも決済ができない場合、ebayアカウントに問題が発生します。

2.Send refund

基本的には未着ケースと同様です。
ただし、返金理由を間違えて選択するとディフェクトがカウントされます。
商品未着でカウントされるものよりも厳しいものなので注意が必要です。

販売から90日が経過している場合はFVFが返金されない可能性があるので、その場合はebayに相談をしてください。

paid and shippedで表示された取引履歴から該当取引を見つけて、プルダウンメニューからsend refundを選べば返金できます。返金額は自分で入力できますので全額返金も可能です。
手数料は帰ってきます。