eLogiでフェデックスの梱包資材を取り寄せました

FedexのAccountがありますから、Fedexへ直接注文すれば無償、送料無料で受け取れます。

発送する商品のサイズに合わせて、フェデックスの段ボールを
加工しても良いのでしょうか？

全然かまいませんただし、縮めるやり方がありますし、輸送に耐える必要があります。
それができないときは商品に合わせた寸法、強度のダンボールを用意したほうが無難でしょう。