個人事業主のアカウントを利用しているのに、同じ名義で法人アカウントを申請したから、利用規約違反になったのでしょうか？

たぶんそうだと思います。
Business accountを運用中にBusiness accountを追加申請した、つまりBusiness accountを2つ持とうとしたことになります。
Payoneerでは個人で1個、Businessで1個の計2個しかAccountを持つことが出来ないようです。

ebayで複数Accountを運用していた場合、1個のAccountがBlockされると他のAccountも影響を受ける、と聞いていますがPayoneerの場合、
「ブロックしたというメールが来ているのに、お金を引き出すことができました。」
ということであれば、追加申請したAccountだけがBlockされて、運用中のAccountは影響を受けないということかも知れません、あるいはTime lagを置いて影響を受けるのかも知れませんが、わかりません。

いずれにしても利用するServiceの規約やPolicyは知っておく必要があると思います、我々はその中でしか踊れないのですから。