理論上は出来るということになると思いますが、かなりの時間と労力が必要となります。
ebay及びPayoneerへの事前確認は必須で、この確認に非常に長い時間がかかることになります。
ただ、すでにPayoneerを持っている状態ですので、このアカウントに担当がついていれば連絡はそこそこスムーズにいくかもしれません。
また、ebay側は法人アカウントいう名称ではなく、ビジネスアカウントになるかと思われます。

・ebay側への確認

1.名義変更
2.ビジネスアカウントへの変更
3.ebayとPayoneerの接続の解除
4.新名義でのクレジットカードの登録
5.ebayと新規Payoneerの接続

上記の可否とタイムスケジュールを確認する必要があります。
ストアを持っている場合、いったんは解約が必要となるかもしれません。
現状のebayジャパンのサポートは不安定でレスポンスも悪いです。

・Payoneer側への確認

1.法人アカウント（個人事業主）の作成
2.接続実績のあるアカウントへの新規アカウントでの再接続

こちらもebayと同様ですね。
そもそもとして、PayoneerのレスポンスはPaypalに比べて非常に悪いです。
ebayとPayoneerで説明が違うこともたびたびあります。

個人的にはPayoneerで法人アカウント（個人事業主）を先に作ることがお勧めです。
アカウントが出来るまでにかなりの時間を要すると思いますので、その間に手続きについてebayとPayoneerに確認することです。
ebayで新規のアカウントを作るにしても、Payoneerでかなりの時間がかかることになります。
個人アカウントで販売をしつつ、法人アカウント（個人事業主）の準備をしっかりと整える。
準備ができ次第、その時点でのベストな方法を選択したほうが良いかと思います。