値上げ変更のタイミングと実際にオーダーされた時間との差については、イーベイジャパン セラーポータルに質問してください。　バイヤーに対しては値上げのタイミングとオーダー時間の差で、実際は価格が上がったことを説明して、オーダーキャンセルのお願いをしてみてください。
バイヤーがキャンセルを承諾して全額返金できても、ネガティブフィードバックが付くことがありますので、その点は了承しておいてください。
もし、キャンセルに応じて頂けないのなら、値上げ前の価格で販売するしかないと思います。
私なら、そのまま値上げ前の価格を受入れ、何も告げずに発送しちゃいます。