こんにちは！

＞とりあえずトラッキング番号を入れたら、次は、どう処理をすれば発送完了になるのでしょうか？
これは追跡番号を入れても入れなくても[Mark as shipped]を押せば発送完了登録は完了になります。

＞バイヤーは受け取ったことをfeedbackのDid this item arrive on time?をyesにしたら届いたことになるのでしょうか？
メルカリのようなフィードバックはeBayでは必須ではありません。受け取られたらそれで終了で問題ないです。万が一「商品未着のケース」を開かれた場合は配達完了を示す追跡番号をアップロードする必要がありますが、基本は[Mark as shipped]で発送完了したらバイヤーからアクションが無い限り放置で大丈夫です。

＞それとも、普通に国内郵便の追跡サービスと一緒で発送が完了したら自動的にebayも発送完了になるのでしょうか？
eBayの追跡が可能な会社は限られており、日本の場合は郵政のみが追跡をたどれます。
詳しくはhttps://ebaysupport.3rdstep.co.jp/announcements/drujjywwy9pkc6cy?type=text
の記事をご覧ください。

＞また、日本国内同士の取引でも、セラー、バイヤーとも特にebayからペナルティーを受けることはないですよね？
全く問題ありません。セラーもバイヤーもペナルティを受けることはありません。