全額返金の有無にかかわらずtracking uploaded on timeは欠陥というかマイナスカウントされます。
ただし、カウント1程度では何も変わりません。
アカウントヘルス的にも大きな問題ではないので、ebayも削除しないと思われます。

考え方としてはリターンリクエストが申請された時点でバイヤーは商品を受け取ったことになります。
つまり、セラーが商品を発送したことになるわけですが、発送したにもかかわらずトラッキングナンバーが入力されていないという判定となります。

基本的に商品を受け取っていない状態でのリターンリクエストはポリシー違反となるため、こういったことを行うバイヤーは問題のあるバイヤーとしてebayに正式に報告してください。
過去に同様の行為を繰り返していた場合、バイヤーがサスペンドされます。