見えないところが加工がされていて、その事実が説明されていない場合は説明に誤りありと判断される可能性が非常に高いです。
状態は写真で確認してくださいや、セラーの見落としで説明に不備があっても写真で見る現状が優先されるといったものは認められません。

Payment Disputeなので決定は決済会社がおこないます。
今回の場合だと決済会社が返金を認める可能性は高いです。
返金の条件として返品が必要になるかも決済会社が決定します。

バイヤー側の確認ミス等を証明する決定的な証拠が提出できるのであれば反論します。
しかし、このケースでは加工個所を説明していなければセラー側のミスとなります。
おそらく返金となってしまうでしょう。
この場合、商品代金、商品は失われ、FVFは没収、手数料が請求されます。

返金に同意した場合、ebayが反論をせず、決済会社が返金処理をすればそこで終了です。
商品代金と商品が失われることとなります。

反論と同意のどちらを選択しても、決定されるまでには時間がかかります。
この間に決済会社は問題を調査したり、バイヤーに期日を決めて返品を求めるなどがおこなわれます。
その決済会社で何度も問題を起こしている。
返品を指示されたが対応しなかった。
このような場合は返金されずにPayment Disputeがクローズすることがあります。

反論をしても負けて返金がおこなわれてしまった場合、有力な証拠ともにebayにアピールをする。
このアピールが認められればセラー保護が適用されます。
まれに過去の取引実績などを考慮してアピールなしでセラー保護が適用されることもあります。
ただ、今回はバイヤーの主張すしている見えない場所が加工されているという主張の方が強いように感じます。

https://www.ebay.co.jp/knowledge/trouble/article96